İç Asya'ya doğru göçen Uygurların başında Vu-hi Tegin'in kardeşi, Ngu-nie Tegin bulunuyordu. Kendisi 13 Uygur kabile birliğinin son "kagan"ı (846-848) kabul edilmektedir. Batıya gelen bu Uygur kolu Tanrı Dağlan, Beş-balık, Turfan taraflanna yerleşerek, 840'da Ordu - balık'da istilacılar eli ile öldürülen Uygur hakanının yeğeni Mengiryi "kagan" (Ulug Tanrıda kut bulmış Alp Külüg Bilge) seçti (856). Tibetlilerin hücumuna karşı, nüfuzu altında tutmak istediği bu bölgede kendisine bir dost arayan Çin, bu Uygur devletini derhal tanıdı. 873'e doğru "kagan"ın Buku Cin olması muhtemeldir. Tang'lar ismen de olsa kendilerine bağlı ve siyasetlerine uygun bir tutum içinde bulunan bu Uygur devletinin, meçrü Çin idaresine isyan eden Turfan, Beş-balık askerî valilerini ortadan kaldırarak Hami'ye kadar hakimiyet kurmalarına şüphesiz müdahale etmiyorlardı. Bu suretle siyasî nüfuzu gittikçe artan ve İç-Asya'nın ticaret yolları üzerinde olması ile de iktisaden gelişen Uygur devleti aynı zamanda Maniheizm'in bölgede yayılmasına vasıta oluyordu. Nitekim T'ang'ların yıkılışı sırasında Tun-huang askerî bölgesini işgal eden Çinli kumandan, yukarıda bahsettiğimiz muhtar "devlet"ini kurarken "Beyaz elbıse giyen Gök-oğlu" lakabını almıştı (Maniheıstler beyaz giyiniyorlardı). Fakat, bilindiği gibi, Kan-çou Uygurları bu muhtar "devlete son vermişler (911), bu tarihten itibaren Doğu Türkistan Uygur Devleti de müstakil olmuştu.
Bundan sonra, güneyde Tibet, Batı Türkistan'da Karluk bölgesi ile sınırlı ve baçlıca şehirleri Turfan, Kaşgar, Beş-balık, Kuça, Hami olan ülkelerini müdafaa ile iktifa ederek san'at, edebiyat ve ticaret sahasında yükselen bu Uygur devleti ile ilgili siyasî hadiseler hakkında fazla bilgi görülmüyor. Ancak 947'lerde başkentin Koço (Doğu Türkistan'da Turfan'm yakınında Kara-khoço=Kao-ç'ang) şehri ve yazlık merkezin de Beş-balık (Pei-ting) olduğu ve "Kün Ay Tanrıda kut bulmış Ulug kut ornanmış, alpın, erdemin il tutmuş Alp Arslan Kutlug Kül Bilge-Tanrı Han"ın devleti idare ettiği biliniyor. 948'de "Kün Ay Tanrıteg küsönçig körtle yaruk-Tanrı Bögü Tenri-ken"in bulunduğu Khoço'daki bir kitabeden anlaşılmaktadır. Bu Uygur hükümdarları "Iduk-kut" unvanı ile de anılıyor ve başkente "Iduk-kut (îdi-kut) şehri" deniyordu.
Uygurlar hakkında en ilgi çekici bilgiye, Çin'deki Kuzey Sung imparatoru tarafından 981'de Kara-khoço'ya elçi olarak gönderilen Wang Yen-tö'nün seyahat notlarında tesadüf edilmektedir ki, kültür tarihi bakımından büyük değer taşır.

Doğu Türkistan Uygur Devleti'nde, öteki Uygur kolunda olduğu gibi, Budizm çok yayılmış, hatta Maniheizm'den üstün bir mahiyet almış, bunun yanında Nesturi hıristiyanlık ve başlangıçta pek az olmak üzere îslamiyet tesirlerini göstermiştir. Müslüman-Türk Kara-Hanlılar, Kaşgarlı Mahmud'un eserinde (1074) "kafir" diye bahsedilen Uygurlarla mücadele ediyor ve Uygur memleketinde îslamiyeti yaymağa çalışıyorlardı. Sonra îslamiyet Çin'e Uygurlar aracılığı ile girdiği için orada ilk müslüman Çinlilere Huei-ho (Uygur) denilmiştir.
Doğu Türkistan Uygur Devleti 1209'da Cengiz Han'a bağlandığı zaman, başta, o tarihe kadar Kara-Hitaylara tabi durumda olan İdil-kut Barçuk Art-Tegin bulunuyordu.Islam kaynaklannda (Kudame /ölm. 948/, El-Mes'üdî, Gerdîzî, Tamîm b. Bahr, Mervezî, El-îdrîsî /ölm. 1166/) daima "Dokuz-oğuz" (Toquz-guz) diye bahsedilen Uygurların hakimiyeti fiilen sona ermekle beraber, Moğollar tabiiyetinde kalarak Uygur hükümdar ailesi Çin'de Ming devrinin başlanna, yani, son Uygur îdi-kut'u Ho-şang, Ming sülalesi kurucusuna teslim oluncaya kadar (1368) devam etmiştir. Ayrıca, Kara-Hitay devletinde olduğu gibi, meşhur devlet adamı Tata-Tonga ve oğulları ile diğer birçok Uygur, Cengiz Moğolları devletinde de yüksek idarî vazifeler almış ve başta hayvancılık, meyvecilik, dil, yazı olmak üzere Uygur medenî tesirleri Asya'nın doğusunda ve batısında (bilhassa Karluklar, Kara-Hanlılar yolu ile) asırlarca hissedilmiştir.